从有害生物与环境的整体生态观出发，依据对有害生物的监测与预测结果，从自然因素、种群及群落生态学水平进行调节，通过综合、优化、设计和实施，建立实体的生态工程技术，把有害生物控制在不足危害的水平，以期达到生态效益、经济效益、社会安全的高度统一，实现农业生产的高效、低耗和持续发展。可以从4个方面进行科研训练：
1. 微生物及其生态学
从分子、细胞、个体、种群、群落、生态系统水平上研究微生物的行为及与环境的相互关系、物质及能量流动规律，探索微生物在不同环境中的分布及其活动规律、微生物与植物以及微生物间的关系，探索微生物对农药等污染物降解和在环境修复中的机制。为开发资源、保持生态平衡、改善环境及调控有害生物等提供理论基础和实践依据。
2. 昆虫及其生态学
昆虫是植物保护工作重要内容之一。本方向从DNA分子、蛋白质与染色体细胞水平以及种群、群落和生态系统水平上研究昆虫与环境的相互关系、昆虫与昆虫、昆虫与植物、昆虫与微生物等的关系、昆虫行为与环境关系；研究昆虫在不同环境中的数量动态、时空动态、与结构动态与规律；研究农业生态系统中节肢动物群落的物质、信息及能量流动规律；研究农药等污染物对节肢动物群落生物多样性的影响；探索有害生物成灾、减灾的分子生态调节机理、群落调节机制。为保持生态平衡、改善环境及调节有害生物等提供理论依据和实践案例。
3. 有害生物监测与预警
有害生物的监测与预警是植物保护工作的基础，肩负着为植物有害生物防控提供情报信息支持和管理决策的重任。该方向以作物有害生物为主要研究对象，主要开展环境因子、有害生物种类及种群动态监测；有害生物毒性变异、扩散、发生期、发生量、危害程度、造成损失及其与环境的关系；外来有害生物和内源有害生物风险评估等方面的研究。
4. 有害生物生态调节
以农园作物、设施作物及其贮运期的有害生物为研究对象，按照功能高效原则、结构和谐原则、持续调控原则和经济合理原则，通过调节环境因子、种群数量和群落结构，将有害生物种群数量控制在不足以对农园作物、设施作物及其产后储藏物造成危害的水平，从而保证农业生产的可持续发展和农产品的质量安全。